Metagenomics מוגדרת כ- הניתוח הגנטי הישיר של גנומים הכלול עם דגימה סביבתית התחום התחיל בתחילה עם שיבוט של DNA סביבתי, ואחריו בדיקת ביטוי תפקודי [1], ולאחר מכן הושלמה במהירות על ידי רצף אקראי ישיר של רובה ציד של DNA סביבתי [2, 3].
מהו תהליך המטאנומיה?
Metagenomics כרוך בהשגת DNA מכל המיקרואורגניזמים בתוך קהילה, מבלי לזהות בהכרח את כל המינים המעורבים. לאחר רצף הגנים והשוואה לרצפים מזוהים, ניתן לקבוע את תפקידיהם של גנים אלה.
באיזו טכניקה משתמשים במטאנומיה?
דגימה של קהילת החיידקים נאספת ממי ים, משקעים, חיה מארח או בית גידול ימי אחר.לאחר מכן, התאים שנאספו עוברים ליטוש ו-DNA מופק מהליזאט שלהם. הטכניקה שמאפשרת את המטגנומיקה היא רצף רובה, שמרצף אזורים אקראיים של DNA בצורה לא ממוקדת.
מהם שלושת השלבים ללימוד מטאנומיקה?
צעדים ותהליך של מטאנומיה:
- אוסף לדוגמה:
- חילוץ DNA:
- הכנה לדוגמא:
- ניתוח לדוגמה:
איך מתבצעת מטאנומיה פונקציונלית?
מטגנומיקה פונקציונלית כוללת בידוד DNA מקהילות מיקרוביאליות כדי לחקור את הפונקציות של חלבונים מקודדים. זה כולל שיבוט של קטעי DNA, ביטוי גנים במארח פונדקאי, ובדיקת פעילויות אנזימטיות.
