מודלים ההומולוגיים משיגים המבנה התלת מימדי של חלבון מטרה המבוסס על הדמיון בין רצפי התבנית והיעד וטכניקה זו מתגלה כיעילה בכל הנוגע לחקר חלבוני ממברנה אשר קשה להתגבש כמו GPCR מכיוון שהוא מספק רמה גבוהה יותר של הבנה של …
מהו מודלים הומולוגיים ולמה זה נחוץ?
1.2.
מודלים ההומולוגיים הם השיטה החישובית המדויקת ביותר ליצירת מודלים מבניים אמינים ונמצאת בשימוש נפוץ ביישומים ביולוגיים רבים. דוגמנות הומולוגיה מנבאת את המבנה התלת-ממדי של חלבון שאילתה באמצעות יישור רצף של חלבוני תבנית.
מהו העיקרון של דוגמנות הומולוגיה?
מודלים הומולוגיים ידועים גם בתור מודל השוואתי מנבא מבני חלבון על סמך הומולוגיה של רצף עם מבנים ידועים. זה מבוסס על העיקרון ש" אם שני חלבונים חולקים דמיון רצף מספיק גבוה, סביר להניח שיהיו להם מבנים תלת מימדיים דומים מאוד. "
מה עושה דוגמנות הומולוגיה טוב?
אם נגדיר "מודל הומולוגיה מוצלח ביותר" ככזה שיש לו <=2 Å rmsd מהמבנה האמפירי, אז לתבנית חייבת להיות >=60% זהות רצף עם היעד להצלחה שיעור >70% אפילו בזהויות ברצף גבוה (60%-95%), לכל אחד מכל עשרה מודלים הומולוגיה יש rmsd >5 Å לעומת
מה מהבאים נכון לגבי דוגמנות הומולוגיה?
הסבר: כפי שהשם מרמז, דוגמנות הומולוגיה מנבאת מבני חלבון בהתבסס על הומולוגיה של רצף עם מבנים ידועים דוגמנות הומולוגיה מייצרת מודל של כל אטומים המבוסס על יישור עם חלבוני תבנית.… לא ניתן לתקן שגיאות שנעשו בשלב היישור בשלבי הדוגמנות הבאים.
